研究業績リスト

平成27年10月 現在

学術論文

  1. Naoto Sakamoto & Takashi Naka: Validity of transfer-function representation of input-output relation in allosteric models. BioSystems19, 317-326 (1986 October)
  2. Takashi Naka & Naoto Sakamoto: Kinetics of membrane-bound enzymes: Validity of quasi-steady-state approximation for a Michaelis-Menten-type reaction. Journal of Membrane Science 74, 159-170 (1992 October)
  3. Takashi Naka, Kosuke Shiba & Naoto Sakamoto: A two-dimensional compartment model for the reaction-diffusion system of acetylcholine in the synaptic cleft at the neuromuscular junction. BioSystems 41, 17-27 (1997 January)
  4. Takashi Naka: Simulation analysis of the effects of the junctional folds on spontaneous generation of the miniature endplate current at neuromuscular junction. Mathematics and Computers in Simulation 46, 633-641 (1998 June)
  5. Takashi Naka: Evaluation of characteristic parameters for the neurotransmitter release mechanisms at the neuromuscular junction. BioSystems 49, 143-149 (1999 February)
  6. Takashi Naka & Naoto Sakamoto: Localization effects of acetylcholine release from a synaptic vesicle at the neuromuscular junction. BioSystems 51, 73-78 (1999 August)
  7. Takashi Naka & Naoto Sakamoto: Two-dimensional compartment model for generation of miniature endplate current at the neuromuscular junction. Comments on Theoretical Biology 6, 1-28 (2001 March)
  8. Takashi Naka & Naoto Sakamoto: Simulation analysis of the effects of the simultaneous release of quanta of ACh on the endplate current at the neuromuscular junction. Mathematics and Computers in Simulation 59, 87-94 (2002 May)
  9. Mariko Hatakeyama, Shuhei Kimura, Takashi Naka, Takuji Kawasaki, Noriko Yumoto, Mio Ichikawa, Jae-Hoon Kim, Kazuki Saito, Mihoro Saeki, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama and Akihiko Konagaya: A computational model on the modulation of MAPK and Akt pathways in heregulin induced ErbB signaling, Biochemical Journal, 373, 451-463 (2003 July)
  10. Shuhei Kimura, Takuji Kawasaki, Mariko Hatakeyama, Takashi Naka, Fumikazu Konishi, Akihiko Konagaya: OBIYagns : A grid-based biochemical simulator with parameter estimator. Bioinformatics 20. 1646-1648 (2004 July)
  11. Takashi Naka, Mariko Hatakeyama, Naoto Sakamoto, Akihiko Konagaya: Compensation effect of MAPK cascade on formation of Phospho-protein gradient. BioSystems 83. 167-177 (2006 Feb)
  12. Takashi Nakakuki, Noriko Yumoto, Takashi Naka, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Mariko Hatakeyama: Topological Analysis of MAPK Cascade for Kinetic ErbB Signaling. PLoS ONE 3. e1782 (2008 March)
  13. Yoshimi Naruo , Takeshi Nagashima , Ryoko Ushikoshi-Nakayama , Yuko Saeki , Takashi Nakakuki , Takashi Naka , Hiroshi Tanaka , Shih F Tsai and Mariko Okada-Hatakeyama: Epidermal growth factor receptor mutation in combination with expression of MIG6 alters gefitinib sensitivity. BMC Systems Biology 5:29 doi:10.1186/1752-0509-5-29 (2011 February).
  14. Bastiaens, P., M. R. Birtwistle, et al.: Silence on the relevant literature and errors in implementation. Nature Biotechnology 33(4): 336-339. (2015 April).
  15. Chinasa Sueyoshi, Takashi Naka: Stability Analysis for the Cellular Signaling Systems Composed of Two Phosphorylation-Dephosphorylation Cyclic Reactions. Computational Molecular Bioscience 2017, 7, 33-45. (2017 August).

国際学会会議録

  1. Takashi Naka & Naoto Sakamoto: Simulation analysis of the effects of the simultaneous release of quanta of ACh on the endplate current at the neuromuscular junction. Proc. of the IMACS (International Association for Mathematics and Computers in Simulation) International Congress on Modelling and Simulation, 561-566 (1999)
  2. Takashi Naka & Naoto Sakamoto: Simulation analysis of the effects of quantum size of acetylcholine on generation of endplate current at the neuromuscular junction. Proc. of the 16th IMACS World Congress on Scientific Computation, Applied Mathematics and Simulation, 6 pages on CD-ROM (2000)
  3. Mariko Hatakeyama, Shuhei Kimura, Noriko Yumoto, Mio Ichikawa, Takuji Kawasaki, Takashi Naka, & Akihiko Konagaya: A Mathematical Modeling of Signal Transduction Cascade on Raf-Akt Cross-Talk, Genome Informatics 13 (Proceedings of GIW2002 -The 13th International Conference on Genome Informatics), 359-360 (2002, Decmber)
  4. Takuji Kawasaki, Shuhei Kimura, Mariko Hatakeyama, Takashi Naka, & Akihiko Konagaya: Development of Biochemical System Simulator with Parameter Estimator, Genome Informatics 13 (Proceedings of GIW2002 -The 13th International Conference on Genome Informatics), 463-464 (2002, December)
  5. Shuhei Kimura, Takuji Kawasaki, Mariko Hatakeyama, Takashi Naka, Fumikazu Konishi, & Akihiko Konagaya: OBIYagns: A Biochemical Simulator in Grid Environment, Genome Informatics 14 (Proceedings of GIW2003 -The 14th International Conference on Genome Informatics), 621-622 (2003, December)
  6. Shuhei Kimura, Mariko Hatakeyama, Takuji Kawasaki, Takashi Naka, Akihiko Konagaya: Parameter Estimation for the Simulation of Biochemical Pathways. Proceedings of 15th IASTED International Conference on Modelling and Simulation (MS2004). 266-271 (2004, March)
  7. Takashi Naka: Effect of the EGF binding cooperativity on EGFR activation on the cell surface. Porc. of GIW2008 - The 19th International Conference on Genome Informatics, 2 pages on CD-ROM (Gold Coast, Australia, 2008, December)
  8. Takashi Naka: Simulation analysis of lateral propagation mechanism of EGF signaling on cell surface, Proceedings of ICCSA2009 ( International Conferences on Computational Science and Its Applications 2009), 183-188 ( Yongin, Korea, 2009 June)
  9. Takashi Naka: Stochastic Aspects of Kinase Cascade Pathways in Cellular Signaling, Proceedings of ICCSA2010 ( International Conferences on Computational Science and Its Applications 2010), 300-302 ( Fukuoka, Japan, 2010 March)
  10. Chinasa Sueyoshi, Takashi Naka: Exhaustive Analysis for the Effects of a Feedback Regulation on the Bi-Stability in Cellular Signaling Systems, Springer International Publishing AG 2017 O. Gervasi et al. (Eds.): ICCSA 2017, Part I, LNCS 10404, pp. 159?173, 2017. DOI: 10.1007/978-3-319-62392-4_12 ( Trieste, Italy, 2017 July)

国内学会会議録,技術報告,所報等

  1. 玉井哲夫, 西山聡, 堀敦史, 藤田正幸, 仲隆, 小久保岩生: 日本語質問応答システムの開発に向かって(関連技術のサーベイ).三菱総合研究所所報13, 98-121 (1986)
  2. 仲隆: 日本語対話による要求定義およびLISP関数への変換. 情報処理学会第34回全国大会論文集, 929-930 (1987)
  3. 仲隆: 自然言語記述による開発支援ツール. ソフトウェア環境統合化技術開発計画テクニカル・レポート1, 27-31 (1987)
  4. 玉井哲夫, 西山聡, 堀敦史, 藤田正幸, 仲隆 , 小久保岩生: 自然言語対話システムの試作. 三菱総合研究所所報14, 52-75 (1987)
  5. Takashi Naka: Pseudo Japanese specification tool. FASET (Formal Approach to Software Environment Technology) Technical Report 1, 29-32 (1987)
  6. 石谷靖, 松尾正浩, 仲隆: 段階的詳細化を基礎としたLISPプログラム開発支援ツール. 情報処理学会第39回全国大会論文集, 1539-1540 (1989)
  7. Takashi Naka & Masahiro Matsuo: A lisp program development support tool applying stepwise refinement technique to natural language. FASET Technical Report 2, 29-32 (1989)
  8. 玉井哲夫, 西山聡, 堀敦史, 藤田正幸, 吉田敏弘, 仲隆, 小久保岩生: ニューロコンピュータ−頭脳への限りない接近−. 三菱総合研究所マルチクライアント・プロジェクト研究調査報告書第2分冊101頁 (1989)
  9. 仲隆, 坂本直人: シナプスの化学伝達特性への分解酵素活性の影響. 計測自動制御学会第6回生体・生理工学シンポジウム論文集, 239-242 (1991)
  10. 仲隆, 坂本直人: シナプスの化学伝達における拡散過程と反応過程の相互作用. 計測自動制御学会第7回生体・生理工学シンポジウム論文集, 17-20 (1992)
  11. 仲隆, 坂本直人: 神経筋接合部のシナプス間隙におけるアセチルコリン反応拡散系に対する2次元コンパートメントモデルの構成. 計測自動制御学会第9回生体・生理工学シンポジウム論文集, 71-74 (1994)
  12. 木村周平,川崎琢治,畠山眞理子,仲隆,小長谷明彦: 生化学システムシミュレータのためのパラメータ推定器の開発. 第3回CBI学会大会論文集, 182-183(2002)
  13. 仲隆: 学生による授業評価. 九州産業大学情報科学会誌, 1巻1号, 33-35(2003年2月)
  14. 成凱,仲隆,宮崎明雄: 研究室分け希望調査支援Webシステム. 九州産業大学情報科学会誌, 4巻1号 34-38(2005年9月)
  15. 畠山眞理子, 中茎隆, 仲隆: RTKシグナル伝達系のシステムバイオロジー, 実験医学, 10月号, Vol.24, No.16, 2530-2535(2006年10月)
  16. 中茎隆, 仲隆, 畠山眞理子: 数理モデルを用いた細胞内シグナル伝達系の解析. 計測と制御, 2月号, Vol.47, No.2 132-138(2008年2月)

学会発表

  1. Naoto Sakamoto & Takashi Naka: Characterization of transverse and radial diffusion system of acetylcholine in the synaptic cleft at neuromuscular junction.First East Asian Symposium on Biophysics (1994, May)
  2. Takashi Naka: Simulation analysis of the effects of the junctional folds on spontaneous generation of the miniature endplate current at neuromuscular junction. IMACS Symposium on Mathematical Modelling (1997, Feburary)
  3. Takashi Naka, Mariko Hatakeyama, Mio Ichikawa, Naoto Sakamoto, & Akihiko Konagaya: Formulation of the estimation methods for the kinetic parameters in cellular dynamics using object-oriented database. ISMB2001 (The 9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology) (2001, July)
  4. Shuhei Kimura, Takashi Naka, Mariko Hatakeyama, & Akihiko Konagaya: Parameter Estimation of Signal Transduction Pathways using Real-Coded Genetic Algorithms. ISMB2001 (The 9th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology) (2001, July)
  5. Takashi Naka, Mariko Hatakeyama, Naoto Sakamoto, & Akihiko Konagaya: Development of a Model System for the Essential Mechanisms in Cellular Signaling. SIAM Symposium on Computational Models and Simulation for Intra-Cellular Processes (2002, October)
  6. 仲隆,畠山眞理子,小長谷明彦: 細胞内情報伝達系における反応拡散過程の数理モデル. 第25回日本分子生物学会年会 (2002, December)
  7. Mariko Hatakeyama, Shuhei Kimura, Takashi Naka, Takuji Kawasaki, Fumikazu Konishi, Akihiko Konagaya: Computer Simulation of ErbB Signaling in Grid Environment. Biomedical Information Science and Technology Initiative (BISTI) 2003 Symposium, Digital Biology: The Emerging Paradigm, Maryland (2003, November)
  8. Mariko Hatakeyama, Shuhei Kimura, Takashi Naka, Takuji Kawasaki, Noriko Yumoto, Mio Ichikawa, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Akihiko Konagaya: A computational model on Raf-Akt cross-talk in ErbB Signaling. International conference Pathways, Networks, and Systems: Theory and Experiments. Santorini, Greece (2003. September)
  9. Mariko Hatakeyama, Shuhei Kimura, Takashi Naka, Takuji Kawasaki, Noriko Yumoto, Mio Ichikawa, Mikako Shirouzu, Shigeyuki Yokoyama, Akihiko Konagaya: Construction of mathematical model and computer simulation on Raf-Akt cross-talk in ErbB receptor signaling. 第76回日本生化学会大会(横浜, 2003年10月)
  10. 畠山眞里子,木村周平, 仲隆, 湯本範子, 川崎琢冶, 白水美香子, 横山茂之, 小長谷明彦: ErbB1-ErbB4発現細胞におけるキナーゼおよびフォスファターゼ制御ネットワークモデル. 第26回日本分子生物学会年会 (神戸, 2003年12月)
  11. Mariko Hatakeyama, Noriko Yumoto, Takashi Naka, Shuhei Kimura and Akihiko Konagaya: Computer simulation of ErbB signaling . Meeting on Protein Phosphorylation and Cell Signaling, The Salk Institute (San Diego, 2004, June)
  12. 畠山眞里子、末永敦、木村周平、仲隆、高田直樹、川崎琢冶、泰地真弘人、小長谷明彦: 細胞内情報伝達系モデル化のためのネットワークシミュレーションと分子シミュレーションの融合. 日本バイオインフォマティクス学会 第2回システムバイオロジー研究会 (下関, 2004年2月)
  13. 福崎昭伸、小西史一、木村周平、川崎琢治、仲隆、長嶋剛史、井手香、畠山眞里子、倉光成紀、小長谷明彦: Thermus thermophilus HB8のゲノム情報の蓄積とシミュレーションを指向したWebベースシステムの開発. 文部省科学研究費補助金・特定領域研究「統合ゲノム」主催 6回ワークショップ「微生物ゲノム研究のフロンティア」(かずさ, 2004年3月)
  14. Mariko Hatakeyama, Atsushi Suenaga, Takashi Naka, Shuhei Kimura, Makoto Taiji, Akihiko Konagaya: Integration of molecular and network computer simulations for virtual drug assay. Systems Biology: Pathways to Molecular Medicine, Beyond Genome (San Francisco, 2004, June)
  15. Takashi Naka, Mariko Hatakeyama, Naoto Sakamoto, Akihiko Konagaya: Compensation effect of MAPK cascade on formation of phospho-protein gradient. 5th International Conference on Systems Biology (ICSB2004) (Heidelberg, 2004, October)
  16. Mariko Hatakeyama, Atsushi Suenaga, Shuhei Kimura, Takashi Naka, Makoto Taiji, Boris N. Kholodenko, Akihiko Konagaya: Molecular simulation for system modeling. 5th International Conference of Systems Biology (ICSB2004) (Heidelberg, 2004, October)
  17. Mariko Hatakeyama, Atsushi Suenaga, Shuhei Kimura, Takashi Naka, Makoto Taiji, Akihiko Konagaya: Modelling of ErbB receptor signal transduction pathways using molecular and network simulations. 第77回日本生化学会年会(横浜、2004年10月)
  18. 仲隆、畠山眞里子、小長谷明彦: MAPKカスケードにおけるリン酸化タンパク質濃度勾配形成のシミュレーション解析.  第27回日本分子生物学会年会 (神戸, 2004年12月)
  19. Mariko Hatakeyama, Shuhei Kimura, Yoshiki Yamaguchi, Kaori Ide, Atsushi Suenaga, Makoto Taiji, Takashi Naka, Akihiko Konagaya: Modeling of intracellular signal transduction and gene expression dynamics of ErbB signaling. International Consortium on Systems Biology of Receptor Tyrosine Kinase Regulatory Networks (RTK Consortium) The first discussion and organizational meeting (Yokohama, 2005, January)
  20. Kaori Ide, Takeshi Nagashima, Yoshiki Yamaguchi, Takashi Naka, Shuhei Kimura, Atsushi Suenaga, Makoto Taiji, Mariko Hatakeyama: Computer simulation analysis of ErbB signaling for understanding of cellular transformation mechanism. FEBS 1st FEBS Advanced Lecture Course - SysBio2005 Systems Biology: From Molecules & Modeling To Cells (Austria, 2005, Feburary)
  21. Mariko Hatakeyama, Yoshiki Yamaguchi, Shuhei Kimura, Takashi Naka, Atsushi Suenaga, Makoto Taiji and Akihiko Konagaya: Dynamic analysis of ErbB signal transduction pathways. Nature Biotechnology Winter Symposia; Signal Transduction in Cancer (Florida, 2005, Feburary)
  22. Takashi Naka, Naoto Sakamoto, Mariko Hatakeyama: Dynamics of MAPK cascade in a double spherical configuration of cell space, 4th European Conference on Computational Biology 2005 (ECCB05), (Madrid, 2005, September)
  23. 仲 隆, 畠山真里子: 細胞内局在変化によるERK活性キネティクスへの影響−シミュレーション解析, 第28回日本分子生物学会年会 (福岡, 2005年12月)
  24. 仲 隆: 反応拡散モデルによる細胞内シグナル伝達系のシミュレーション解析, 日本神経回路学会 H17年度時限研究会 (鶴岡, 2005年12月)
  25. 中茎隆, 仲隆, 畠山眞理子: rbB1発現細胞とErbB1/4共発現細胞における上皮細胞増殖 因子によるMAPK情報伝達の比較に基づいた数理モデルの構築. 日本バイオインフォマティクス学会 第9回システムバイオロジー研究会 (福岡, 2006年1月)
  26. 中茎隆, 湯本範子, 仲隆, 畠山眞理子:定量的な時系列測定データに基づくErbBシグナル伝達パスの同定と数理モデルを用いたシステム解析. 日本バイオインフォマティクス学会 第12回システムバイオロジー研究会 (鶴岡, 2006年8月)
  27. 中茎隆, 木村周平, 仲隆, 畠山眞理子:Rule-based modeling法による受容体型チロシンキナーゼシグナル伝達系の数理モデル化と超並列計算機を利用したパラメータ推定. 次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2007 (東京, 2007年10月)
  28. 中茎隆、仲隆、木村周平、畠山眞里子: 細胞システムのモデリングとパラメータ推定に関する研究. 2007年度理研シンポジウム ペタ超級のアプリケーション開発に向けて (埼玉, 2008年3月)
  29. 安部剛、仲隆: EGF受容体による細胞膜内側方シグナル伝播のシミュレーション解析. BMB2008(第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会 合同大会) (神戸, 2008年12月)
  30. Yoshimi Naruo, Takeshi Nagashima, Ryoko Nakayama, Yuko Saeki, Takashi Nakakuki, Takashi Naka, Hirosi Tanaka (Ikashika), Shih-Feng Tsai (NHRI), Mariko Okada: Cell-specific control of EGFR signaling activity associated with lung cancer. CBI-KSBSB Joint Cconference (Busan, Korea, 2009 November)
  31. Takashi Naka: Stochastic aspects of cellular signaling dynamics in kinase cascades. The 22nd international conference on genome informatics (GIW2011) (Busan, Korea, 2011 December)
  32. Takashi Naka: The effect of enzyme saturation level and Damkoehler number on cellular signaling speed in kinase cascades. The 23nd international conference on genome informatics (GIW2012) (Tainan, Taiwan, 2012 December)
  33. 末吉智奈佐, 仲隆: webMathematicaによる生化学反応シミュレータの試作. 情報処理学会 第76回全国大会(東京, 2014年3月)
  34. Takashi Naka: Systematic model construction and simulation analysis for regulatory networks in cellular signal transduction systems. The 25nd international conference on genome informatics (GIW2014) (Odaiba, Japan, 2014 December)
  35. 末吉智奈佐, 仲隆: 細胞内シグナル伝達系の伝達特性学習用電子教科書の開発. 情報処理学会 第77回全国大会(京都, 2015年3月)
  36. 末吉智奈佐, 仲隆: 細胞内シグナル伝達系の伝達特性学習用シミュレータの試作. 第14回情報科学技術フォーラム(FIT2015) (松山, 2015年9月)
  37. 金本勇紀, 末吉智奈佐, 仲隆: プレゼンテーション上達支援システムの試作. 第14回情報科学技術フォーラム(FIT2015) (松山, 2015年9月)
  38. 末吉智奈佐, 仲隆:細胞内シグナル伝達系の反応機構が双安定性に及ぼす影響の網羅的解析. 火の国情報シンポジウム2016 (宮崎, 2016年3月)
  39. 末吉智奈佐, 仲隆:細胞内シグナル伝達系の多安定性に関する網羅的解析.情報処理学会 第78回全国大会(横浜, 2016年3月)
  40. 末吉智奈佐, 仲隆: フィードバック反応経路が細胞内シグナル伝達系の多安定性に及ぼす影響の網羅的解析. 第15回情報科学技術フォーラム(FIT2016) (富山, 2016年9月)
  41. 鶴田昌也, 末吉智奈佐, 仲隆: 細胞内シグナル伝達系の制御ネットワークによる定式化と反応次数が双安定性に及ぼす影響の解析. 第15回情報科学技術フォーラム(FIT2016) (富山, 2016年9月)
  42. 末吉智奈佐, 仲隆: フィードバック反応経路と反応次数が細胞内シグナル伝達系の多安定性に及ぼす影響の網羅的解析. 平成28年度(第69回)電気・情報関係学会九州支部連合大会(IEICE2016) (宮崎, 2016年9月)
  43. 福永隆之介, 末吉智奈佐, 仲隆: 細胞内シグナル伝達系の反応機構の近似が双安定性に及ぼす影響の網羅的解析.第24回電子情報通信学会九州支部 学生会講演会 (宮崎, 2016年9月)
  44. Chinasa Sueyoshi, Takashi Naka: Exhaustive analysis for the effects of network structures and reaction saturation levels on the multi-stability in cellular signaling systems. 5th International Conference on the Theory and Practice of Natural Computing (TPNC2016) (Sendai, Japan, 2016 December)
  45. 末吉智奈佐, 仲隆: 細胞内シグナル伝達系の制御ネットワークによる定式化とその安定な平衡点での緩和過程の網羅的解析. 第16回情報科学技術フォーラム(FIT2017) (東京, 2017年9月)
  46. 柏木香菜, 末吉智奈佐, 仲隆: 細胞内シグナル伝達系の制御特性解析のRouth-Hourwits判定基準による高速化. 第16回情報科学技術フォーラム(FIT2017) (東京, 2017年9月)
  47. 末吉智奈佐, 仲隆: 細胞内シグナル伝達系のフィードバック反応経路がその安定な平衡点での緩和過程に及ぼす影響の網羅的解析. 平成29年度(第70回)電気・情報関係学会九州支部連合大会(IEICE2017) (那覇, 2017年9月)
  48. 黒木金太朗, 末吉智奈佐, 仲隆: 3段階シグナル伝達系の制御関係が多安定性に及ぼす影響の網羅的解析.第25回電子情報通信学会九州支部 学生会講演会 (那覇, 2017年9月)

招待講演

  1. 仲隆: 細胞内シグナル伝達系の制御ネットワークによる定式化とそれを用いた制御特性の解析. SICE分子ロボティクス研究会・JST第4回分子ロボット倫理研究会合同研究会(博多, 2018年1月)

学位論文

  1. Estimation of functional and structural parameters in the chemical transmission process at the neuromuscular junction, Doctoral Program in Engineering, University of Tsukuba Graduate School (1998)